A elevada produtividade deste estuário torna-o um local de refúgio para espécies marinhas essenciais para o funcionamento do ecossistema, que o utilizam como viveiroe para alimentação nas primeiras fases do ciclo de vida.

Alterações físicas e hidrológicas resultantes da construção de barragens, contaminação química e aumento da carga orgânica na água proveniente de fontes industriais, urbanas e agrícolas, presença de espécies invasoras que contribuem e contribuíram para o declínio de várias espécies nativas, incluindo algumas com alto interesse económico e de conservação.

Os elementos de estudo incluem comunidades de peixes, nomeadamente a relação entre a saúde e integridade de populações de peixes selecionadas (Pomatoschistus microps e Dicentrarchus labrax) e as variações abióticas registadas; variações na comunidade zooplanctônica; variação espacial e temporal da comunidade de macroinvertebrados, macroalgas, macrófitas e aves marinhas, nomeadamente em relação a mudanças provocadas pelas alterações climáticas; presença de espécies invasoras; impactos de origem antrópica.