A investigação sistemática no LTsER Sabor tem sido desenvolvida desde 2009, visando inicialmente estabelecer um referencial ecológico anterior ao Aproveitamento Hidroelétrico do Baixo Sabor, e a partir daí acompanhar as alterações associadas à sua construção e exploração. Para isso, tem sido desenvolvido um trabalho detalhado que envolveu o estabelecimento de estações meteorológicas para amostragem de variações microclimáticas, a análise continuada de parâmetros físico-químicos e de indicadores biológicos de qualidade (diatomáceas bentónicas, fitoplancton, macroinvertebrados, peixes e macrófitas) da água no Rio Sabor e nas albufeiras do Aproveitamento Hidroelétrico, a monitorização de espécies ameaçadas da flora, da estrutura e composição de formações vegetais, e das populações de peixes, anfíbios, répteis, aves e mamíferos.

Para além do acompanhamento geral do Aproveitamento Hidroelétrico, são realizados estudos de monitorização dedicados especificamente a compreender a eficácia das medidas de compensação dos impactes, funcionando como múltiplas experiências ecológicas implementadas no território, mas também de forma multidisciplinar, como é o caso do acompanhamento das alterações socioeconómicas associadas à implementação do Aproveitamento. A par desta investigação, têm sido desenvolvidos trabalhos para compreender as dinâmicas de uso do solo desde meados do século XX e as suas consequências nas comunidades biológicas e na estrutura e composição das paisagens, conseguindo assim adicionar retrospetivamente algumas décadas do passado aos estudos de longo termo conduzidos no sítio LTsER.